Les programmes d'études des sections linguistiques - à l'exception de la langue maternelle - sont identiques et sont sujets aux mêmes conditions . Ils mènent dans toutes les sections linguistiques au même examen : le baccalauréat européen. 
Pour garantir la reconnaissance du baccalauréat européen, les programmes d'études doivent remplir les conditions minimales de chacun des 27 Etats membres de l'Union Européenne. Puisque ces conditions minimale sont très différentes d’un pays à l’autre, les programmes d'études ont été négociés par des experts nationaux - en particulier au sein des comités d'inspection - en consultant des études détaillées et en comparant minutieusement les programmes d'études respectifs.
Ces programmes d'études sont ensuite approuvés par le Conseil Supérieur des Écoles Européennes – où sont représentés tous les Etats membres de l'Union Européenne – et ne peuvent être modifiés que par lui.
