La première Ecole Européenne a vu le jour à Luxembourg en octobre 1953 à l'initiative d'un groupe de fonctionnaires de la CECA avec l'appui des Institutions de la Communauté et du Gouvernement luxembourgeois. Cette expérience éducative, rassemblant des enfants de nationalité et de langue maternelle différentes a rapidement été jugée positive au sein des six gouvernements concernés et a conduit les Ministères de l'Education à coopérer étroitement en matière de programmes, de choix des enseignants, de contrôle des études ainsi que de la reconnaissance du niveau atteint.
En avril 1957, la signature du Protocole fit de l'Ecole Européenne de Luxembourg la première Ecole Européenne officielle. La première session du Baccalauréat européen qui s'y déroula en Juillet 1959 ouvrait les portes des universités des six pays aux titulaires du diplôme.
Le succès de cet enseignement en commun incita la Commission des Communautés européennes et Euratom à ouvrir d'autres Ecoles Européennes à proximité de leurs différents sièges. C'est ainsi que furent créés successivement les établissements suivants:

Luxembourg Luxembourg 1953
Bruxelles I Belgique 1958
Mol Belgique 1960
Varese Italie 1960
Karlsruhe Allemagne 1962
Bergen Pays-Bas 1963
Bruxelles II Belgique 1974
Munich Allemagne 1977
Culham Royaume-Uni 1978
Bruxelles III Belgique 1999
Frankfurt Allemagne 2002
Alicante Espagne 2002